柯尔克孜人对祖先的崇拜。这种习俗起源于其长期信仰萨满教“灵魂不灭”的观念。萨满教认为，人死后灵魂脱离肉体，游荡于空间之中，一旦灵魂附体，人又可以复生。这种观念导致了祖先崇拜。柯尔克孜人的祖先崇拜，首先表现在葬仪上。古代柯尔克孜人实行土葬，并有各种各样的殉葬品。在叶尼塞河流域古柯尔克孜族人的墓葬中发现，死者的殉葬品中有牛、马匹，还随葬有各种生活用品。对祖先的崇拜还表现在对死者的祭典上。在祭典仪式上一般都要宰杀牛羊马匹，为死者准备丰盛的食物。在《玛纳斯》的“阔克托依的祭典”一节中，描写了哈萨克、柯尔克孜族人祭典最盛大的场面。

对祖先的崇拜往往也是对英雄的崇拜，崇拜的祖先大都是本民族的英雄。玛纳斯被柯尔克孜族人视为全民族的祖先，因而崇拜最集中的表现是对英雄玛纳斯的崇拜。不仅在《玛纳斯》和民间文学中是这样，在现代生活中，直到今日，柯尔克孜族人依然将玛纳斯作为他们崇拜的对象，遇事依然祈求玛纳斯的庇护。人们在发誓时往往用“如果我违背诺言，让玛纳斯的灵魂惩罚我，让玛纳斯的坟墓惩罚我，让玛纳斯的威力惩罚我”。这是将祖先崇拜与英雄崇拜紧紧地给合在一起了。

柯尔克孜族人的祖先崇拜晚于自然崇拜，这是随着社会发展在意识上的一个重大转变和进步。随着祖先崇拜的出现，柯尔克孜人逐步认识了人的力量、人的作用、人的个性，逐步增强了人类战胜自然、改造自然的信心和勇气，逐步由自然主宰人类命运向人类自己主宰命运进化。这是认识观念上的一次飞跃。

萨满文化在柯尔克孜人生活中留下的种种痕迹，至今仍随处可见。直至今日，即便是早已信仰伊斯兰教的柯尔克孜人，依然认为“腾格里”(苍天)是至高至尊的，将“腾格里”与“胡达”(真主)并论，遇事往往祈求“腾格里”保佑等等。现在柯尔克孜人过传统节日“诺肉孜”的全部活动，都是萨满文化留下来的古习，即便在伊斯兰教节日古尔邦节时跳的狂欢舞，依然是萨满舞。在柯尔克孜族的民间文学作品中，到处可见萨满文化的遗俗。萨满文化在柯尔克孜英雄史诗《玛纳斯》中反映更是十分普遍。可以说，萨满文化为柯尔克孜族文化打下了坚实的基础，它对柯尔克孜人的影响是不可低估的。